جدا شدن نهاد دین و دولت در طی سکولاریزاسیون بدین معناست که مؤسسات خاص سیاسی – که به درجات مختلف تحت کنترل دولت هستند- از سیطره ی مستقیم یا غیر مستقیم دین رها می شوند. این بدان معنا نیست که پس از سکولاریزاسیون نهادهای دینی دیگر نمی توانند در مورد مسائل عمومی و سیاسی حرفی بزنند، بلکه بدین معناست که دیدگاه های نهادهای دینی دیگر نباید بر جامعه تحمیل شوند، و یا مبنای سیاست گذاری های عمومی قرار گیرند. در عمل، دولت باید تا حد امکان نسبت به عقاید گوناگون و متفاوت دینی بی طرف بماند؛ نه مانع آنها باشد و نه مجری خواسته هایشان. 

اگرچه فرآیند سکولاریزاسیون می توان آرام و مسالمت آمیز پیش رود، اما در واقع اغلب چنین نشده است. تاریخ نشان می دهد که مراجع دینی برخوردار از قدرت مادی، این قدرت را بدون مقاومت تسلیم دولت سکولار نکرده اند. به ویژه هنگامی که این مراجع رابطه ی تنگاتنگی با نیروهای محافظه کار سیاسی داشته اند، این مقاومت سخت تر بوده است. در نتیجه، سکولاریزاسیون اغلب توأم با انقلاب های سیاسی بوده است. در فرانسه کلیسا و دولت پس از انقلابی خونین جدا شدند؛ در آمریکا این جدایی مسالمت آمیز تر بود، اما تنها پس از یک انقلاب و تشکیل یک دولت جدید میسر شد.  

البته مقاصد سکولاریسم همواره بی طرفانه نبوده است. هیچ گاه لازم نیست که سکولاریسم ضد دین باشد. با این حال سکولاریسم اغلب حامی و مشوّق فرآیند سکولاریزاسیون بوده است. کسی که مدافع سکولاریسم باشد، دست کم وجود یک قلمرو اضافه بر دین را الزامی می داند، اما محتمل تر آن است که چنین شخصی، دست کم در مسائل معین اجتماعی، معتقد به برتری قلمرو سکولار نیز باشد.  

بنابراین، تفاوت میان سکولاریسم و سکولاریزاسیون این است که سکولاریسم بیشتر یک موضع فلسفی در مورد بایستگی وضع امور است، اما سکولاریزاسیون تلاشی است برای اِعمال این فلسفه – تلاشی که در صورت لزوم به زور هم متوسل می شود. در جامعه ی سکولار صدای نهادهای دینی خاموش نمی شود. این نهادها همچنان می توانند علناً در مورد امور عمومی اظهار نظر کنند، اما امتیازات انحصاری آنها لغو می شود و مرجعیت و اقتدار آنها کاملاً به حیطه ی خصوصی محدود می شود: کسانی که مطابق ارزش های دینی زندگی می کنند، این شیوه را آزادانه انتخاب می کنند، بدون اینکه از سوی دولت مورد تشویق یا تنبیه قرار گیرند.